Après avoir étudié la flûte traversière au CNR de Nantes avec Guy Cottin, Gaëlle Gilbert se tourne vers la musique ancienne: elle entre au conservatoire du VIIe arrondissement de Paris dans les classes de traverso d'Hélène d'Yvoire et de flûte à bec de Sébastien Marq.
Parallèlement, elle participe au chantier de recherche sur "l'air de cour des XVIIe et XVIIIe siècles" au Centre de Musique Baroque de Versailles. Elle poursuit des études de musicologie à la Sorbonne où elle obtient un DEA dont le sujet, "les brunettes instrumentales" rejoint sa pratique de la flûte. Après s'être perfectionnée au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris avec Pierre Séchet et Serge Saïtta, elle obtient successivement le Diplôme d’Etat puis le Certificat d’Aptitude de musique ancienne. Elle enseigne la flûte à bec et le traverso dans deux conservatoires de la région parisienne: Joinville-le Pont et Sartrouville.